GLOSSARY

متابولوم روده (Gut Metabolome) مجموع مواد اندازه‌گیری‌شده محیط روده است و می‌تواند سهم غذا، میزبان و میکروب را دربر بگیرد.

متاژنومیکس ظرفیت ژنی جامعه، متاترنسکریپتومیکس RNA و بیان، متاپروتئومیکس پروتئین‌ها و متابولومیکس مواد شیمیایی را بررسی می‌کنند. این لایه‌ها جای هم نیستند و از هرکدام می‌توان سؤال متفاوت پرسید. RNA یا پروتئین نیز همیشه شار خالص یک مسیر را دقیق تعیین نمی‌کند. ترکیب لایه‌ها با رژیم، زمان و پیامد انسانی کمک می‌کند؛ واژه «اُمیکس» به‌خودی‌خود اعتبار بالینی یا دقت توصیه مکمل را تضمین نمی‌کند.

ترکیب جامعه می‌گوید چه گروه‌هایی دیده شده‌اند؛ ظرفیت عملکردی به توان ژنی و فعالیت به آنچه واقعاً بیان یا تولید می‌شود مربوط است. دو جامعه متفاوت ممکن است بخشی از کارکرد مشترک داشته باشند. وجود ژن هم تولید همان مقدار متابولیت را تضمین نمی‌کند. بنابراین از نام باکتری به‌تنهایی، کالری اضافه، جذب بهتر یا اثر قطعی بر قدرت و ریکاوری نتیجه نمی‌گیریم.

مثلاً نتیجه نمونه پس از سفر یا تغییر رژیم را با سابقه همان روزها می‌خوانیم؛ تفاوت با هم‌تیمی یا یک درصد برجسته، به‌تنهایی هدف مکمل یا نشانه افت آمادگی نیست.

توالی‌یابی نشانگر ریبوزومی معمول برای بررسی باکتری و برخی آرکی‌ها با توجه به آغازگر و روش به کار می‌رود؛ پوشش کامل ویروس و قارچ را فرض نمی‌کنیم. شات‌گان مجموعه گسترده‌تری از DNA نمونه را می‌خواند و می‌تواند اطلاعات عملکردی بیشتری بدهد، اما به عمق و مرجع وابسته است. هیچ روش صرفاً با نامش تشخیص بیماری یا نسخه شخصی غذا نمی‌سازد؛ محدودیت تفکیک گونه و سویه نیز باید روشن باشد.

متابولیت میکروبی محصول یا واسطه فعالیت میکروب است و ممکن است با پردازش میزبان تغییر کند. همه متابولیت‌ها منحصر به میکروب نیستند؛ لاکتات و سوکسینات در بدن میزبان هم ساخته می‌شوند. محل، مقدار و مسیر تعیین می‌کنند چه معنایی دارند. متابولوم مجموعه مواد اندازه‌گیری‌شده است، نه خود جامعه زنده؛ وجود ماده، منشأ دقیق یا اثر قطعی آن را بدون روش مناسب نشان نمی‌دهد.

زمان جمع‌آوری، نگهداری، استخراج، آلودگی و پایگاه مرجع بر گزارش میکروبی اثر دارند. نمونه مدفوع پس از تغییر دارو، بیماری یا سفر باید با همین سابقه خوانده شود. نبود شناسایی به معنی نبود قطعی جاندار نیست و حضور توالی هم همیشه زنده‌بودن را ثابت نمی‌کند. برای مقایسه فردی، روش ثابت و سؤال مشخص لازم‌اند؛ دو گزارش از آزمایشگاه متفاوت الزاماً مانند دو وزن‌کشی قابل‌جایگزینی نیستند.

همراهی یک الگوی میکروبی با سلامت یا عملکرد، به‌تنهایی اثبات نمی‌کند همان میکروب علت است. رژیم و تمرین می‌توانند هر دو را تغییر دهند؛ نتایج کشت و مدل حیوانی نیز مستقیم نسخه انسان نیستند. برای ادعای سود ورزشی، مطالعه انسانی با محصول و پیامد مرتبط لازم است. نام «محور» یا یک مسیر زیستی، جای اندازه‌گیری اثر واقعی بر فرد را نمی‌گیرد.